1571年，查理五世的私生子奥地利的唐胡安领导西班牙、威尼斯共和国和欧洲志愿者的舰队，在勒班陀战役击溃奥斯曼舰队。此乃海军历史一场重要战役，因为奥斯曼帝国失去了在地中海的海上霸权。西班牙的胜利，加上腓力二世背负著反宗教改革的任务，使西班牙的国威和海外强权达至顶峰。王国的困扰（1571－1598年）：西班牙喜庆的时光短暂。
1566年，加尔文主义者在尼德兰发动骚乱，促使费尔南多·阿尔瓦雷斯·德托莱多领军到该地维持治安。1568年，奥兰耶的威廉尝试把阿尔瓦公爵逐出尼德兰，但是失败。一般认为，这些冲突是八十年战争爆发的序幕，最终令尼德兰联合省获得独立。西班牙依靠尼德兰得到大量财富，尤其来自重要港口安特卫普。于是，西班牙政府致力维持治安和对尼德兰诸省的控制。
1572年，一群称为“海上乞丐”的尼德兰私掠者占领数个尼德兰沿海市镇，并反对西班牙统治，支持奥兰耶的威廉。战争使西班牙陷入困境，甚至可谓泥足深陷。1574年，莱顿围城战中，尼德兰人摧毁堤坝，导致广泛水浸，使路易斯·德苏尼加-雷克森斯领导的西班牙军队撤退。1576年，腓力二世面临严重财政问题。他麾下八万人军队正在占领尼德兰，其军费与在勒班陀战役取胜的舰队相若。
而且，公海海盗问题日趋严重，使美洲殖民地带来的收入减少。故此，他被迫宣布破产。不久后，尼德兰的西班牙军队叛变，夺取安特卫普并到原本和平的南尼德兰抢掠，使当地部分城市也加入叛乱。西班牙选择谈判，于1579年成立阿特雷赫特联盟（又称为阿拉斯联盟），使大部分南部省份再度恢复和平。上述协议规定所有西班牙军队离开尼德兰。
而且在1580年，阿维什王室最后成员、葡萄牙国王恩里克一世去世，让腓力二世有巩固其权利的机会。腓力宣称拥有葡萄牙王位的继承权，并在6月下令阿尔瓦公爵带兵到里斯本，确保他能获得王位。7月，安托尼奥一世在葡萄牙登位，但在一个月后被阿尔瓦公爵击败。阿尔瓦公爵和西班牙驻军，在里斯本并不比在鹿特丹更受欢迎。最后，腓力二世开始统治葡萄牙，西班牙哈布斯堡王朝以共主邦联的关系，统治葡萄牙六十年。
两国合并，让腓力同时统治几乎整个已发现的新世界，以及在非洲和亚洲的庞大贸易帝国。腓力二世为了令新建立的葡萄牙王国稳定，把首都搬迁到大西洋海港里斯本。1582年，他又重新迁都到马德里。至此，西班牙的统治模式确立，纵使一些评论家对此有意见。一评论人指：“海洋力量对西班牙国王最重要，尤甚于任何统治者。唯有海上力量，能令一个社区向如此远的地方扩展。
”1638年，研究战略的评论人则认为：“西班牙军队最适宜拥有的力量，正在海上，但是这国家问题太著名了，即使我认为是时候评论它，我都不应该这样做。”当时，西班牙需要军队负责占领葡萄牙，以稳定对其之统治。而在1576年破产的西班牙，就仍然在恢复元气。1584年，奥兰耶的威廉被一名神志不清的天主教徒刺杀。这位受尼德兰人欢迎的抗争领导人之死，似乎能令战争结束，但事实恰恰相反。
1586年，伊丽莎白一世出兵支持尼德兰和法国的新教徒，其部下弗朗西斯·德雷克在加勒比海和太平洋攻击西班牙商船，并特地主动进攻港口加的斯。1588年，为了停止伊丽莎白一世的干预，腓力派遣无敌舰队以攻击英军。当时天气良好，英格兰派遣较小型和敏捷的战舰，而且得到在尼德兰的间谍帮助，得以做好做战准备。结果，英军击败了为数更多、防备更佳的西班牙战舰。
虽然西班牙遭受重大挫败，但随后的德雷克-诺里斯远征（1589年）是英西战争（1585至1604年）的转捩点，使西班牙占上风。几乎人人都肯定西班牙的舰队是欧洲最强，直到1639年的唐斯战役中，逐渐疲乏、弱态渐现的西班牙被尼德兰海军击败。1588年，无敌舰队离开费罗尔湾法王亨利二世去世后，西班牙参与法国的宗教战争。
1589年，瓦卢瓦王朝最后的国王亨利三世在巴黎城外去世。其继位者、首位波旁王朝的法国国王纳瓦拉的亨利四世是能力出众的领导者。他在阿尔克战役（1589年）和伊夫里战役（1590年）击败法国天主教联盟，取得重要胜利。腓力二世坚决要阻止亨利成为法国国王，于是分派军队到尼德兰，并在1590年入侵法国。“神眷顾西班牙”（1596－1626年）：面对着与英、法、荷的战争，而对方都有卓越将领，处于破产的西班牙发现自身实力不及三者。
