战后，高丽屡次请求毁弃保州并进一步请求“收回”保州，辽朝始终未允。金朝建立以后高丽仍请求“收回”保州，后经双方反复交涉，金朝仍以高丽称臣为条件，将“保州”之地赐给高丽。从辽、金与高丽的“保州”交涉中可以看出：辽、金注重“仁义”外交——在土地和名分的问题上更加重视名分；高丽注重“智者”外交——在土地和名分的问题上，更加重视土地等实际利益，并最终获得了实惠。
尽管长期称臣于辽、金，但高丽却利用这两个宗主国好面子的心理步步北进，有效扩张了自己的疆域。然而随着蒙古势力的日益崛起，女真人建立的金国被蒙古所灭，而被女真灭掉的辽国契丹后裔趁机建立后辽政权。一开始因为有女真金国这个共同的敌人，所以蒙古和后辽进行战略合作夹击金国，然而随着金国的灭亡一心统一天下的蒙古又将后辽锁定为自己下一个目标。
后辽在蒙古的压力下进入高丽境内，1218年蒙古以围歼后辽为由进入高丽，高丽被迫向蒙古臣服。蒙古从此年年遣使到高丽索要各种物品(从毛皮、绸缎到笔墨纸砚无一不要)。高丽国小民困，物产不多，敌视蒙古的情绪逐渐升温。1225年一蒙古使者在出使高丽返回的途中被杀。杀死使者在蒙古人看来是不可饶恕的大罪——曾多次为此与别国开战。
但由于蒙古大军西征，接着成吉思汗（1162～1227）又在征讨西夏途中逝世，使蒙古帝国没有立即对高丽展开报复。1231年蒙古大汗窝阔台命撒礼塔率师攻高丽。蒙古打到了朝鲜半岛中部，洪福源率群众投降，高丽王弟怀安公王降。撒礼塔后在开城任命达鲁花赤等72人镇守，蒙古军暂时撤出高丽。1232年高丽王杀死开城驻守的达鲁花赤等72人，从松都（今开城）迁往江华岛，以防卫蒙古的再次入侵。
得知此事后，蒙古立即第二次攻高丽。这次蒙古一直打到朝鲜半岛的南端。不过蒙古却无法攻占江华岛，在现在的光州附近败北。蒙古首领撒礼塔在龙仁中流矢亡（一说被一名高丽僧人暗杀） 。蒙古副帅铁哥回师蒙古。后高丽王遣使节请罪，但并不肯臣服于蒙古并派兵攻陷已归附于蒙古的西京等处，劫夺了降将洪福源的家。由于高丽内部主张降服于蒙古和抗拒蒙古的两派势力此消彼长，所以高丽对蒙古一直在亲附和抵抗之间摇摆不定，从公元1231~1259年蒙古大军先后六次征伐高丽。
面对蒙古大军的压倒性优势，高丽上下无计可施：在首次迎战中高丽王室就被迫放弃国都开京，带领其贵族及军队全部移驻江华岛。这一时期虽是蒙古势力的上升期，但其骁勇善战的铁骑面对距离海岸线并不算远的江华岛一直无计可施（江华岛距离今天的韩国首尔仅五十公里，与陆地之间仅有约1公里宽的海峡），这个庞大的陆地军事政权的软肋暴露无遗——面对哪怕只是浅浅的一公里海峡也是陌生恐惧的。
尽管蒙古拿逃到江华岛的高丽王室无计可施，但由于除江华岛以外的国土全部沦陷，最终高丽在外有强敌、内遭政争的局面下屈从于蒙古军队，高丽遂成为蒙古的附庸国：蒙古人在高丽和州（今朝鲜永兴）设双城总管府：管辖原高丽东北部地区——双城总管府隶属于元朝辽阳行省，存在近百年，其间蒙古派员入高丽监国，高丽世子入质大都。
忽必烈继任大汗后送高丽王子回国继位并使他成为自己的女婿，此后的历代高丽国王就有了蒙古血统。1280年元朝为了东征日本，在朝鲜半岛设置征东行省（又称日本行省或征日本行省），专务征讨日本之事，并在高丽首都开城派遣达鲁花赤监督高丽。1281年随著进攻日本失败曾一度解散征东行省；1287年高丽国通过元廷高丽籍宫女、宦官，得到行省职务。
复设征东行省，并以高丽国王兼任征东行省达鲁花赤（丞相），《元史·世祖纪》记载：至元二十四年（1287年）五月，“授高丽王睶行尚书省平章政事。”二十五年二月“己卯以高丽国王王睶复为征东行尚书省左丞相。”二十八年（1291年）五月“征东行尚书省左丞相、驸马高丽国王王睶为征东行中书省左丞相。”征东行省在高丽国的统治没有达到地方统治的层面，只在高丽国都城设有行省官署，没有建立管辖路府州县的地方统治体制。
隋炀帝杨广百万大军为何三征区区高丽却搞不定？
杨广征讨的高句丽，而不是高丽。高句丽和高丽是两个完全不同的政权。隋炀帝三征高句丽，战略上是完全正确的。隋炀帝时期的高句丽，经过几百年的发展，已经成为成为兼具现代中国东北和朝鲜半岛大部分领土的东北亚地区响当当的强国。如果再不及时进行打击，任由其发展壮大，将来南下中原，很有可能造成华夏倾覆、神州陆沉。所以必须对高句丽进行沉重打击，以免养虎为患。
