要是有人敢不告发，腰斩之刑搁那儿等着，总之必须在罪犯和朝廷之间选择一个敬畏的对象。废除旧世卿世禄制，奖励军功，禁止私斗，颁布按军功赏赐的二十等爵制度：之前的秦国官职被贵族世家垄断，平民子弟无论立下什么功劳也得不到晋升。秦献公时期开始打破这一传统，但秦献公只是凭借自己的国君之尊偶尔提拔几个自己信任的平民子弟，而没有一套明确的官爵晋升制度。
商鞅正式建立以军功授爵的制度——平民子弟只要在战场上为国家立下军功即可授予相应的爵位，功劳越大爵位也相应越高；贵族子弟若无军功则不得世袭祖先的爵位。重农抑商，奖励耕织，特别奖励垦荒；规定生产粮食和布帛多的，可免除本人劳役和赋税，以农业为“本业”，以商业为“末业”，并且限制商人经营的范围，重征商税——按商鞅的理念：秦国只需要两类人——为国征战的战士和为战士提供粮草的农夫，所以要奖励耕种并按粮食产量换算成相应的军功授予爵位。
与此同时要对商业贸易征收重税以满足国家征战所需的经费。焚烧儒家经典，禁止游宦之民：在商鞅看来儒家和其他百家的经典书籍都是无用之物，六国的游学士子多是虚妄浮夸之人，只会引经据典空谈误国，不能真正埋头苦干。允许这些书和人在秦国存在只会削弱秦军的战斗力和秦国的生产力，所以必须严格将这些对秦国有害的书和人禁绝在秦国之外。
所以张仪、吕不韦等人若是在此时入秦，结局一定糟糕，因为此时的秦国最排斥的就是耍嘴皮子的游学士子和生意人。强制推行个体小家庭制度——凡成年子女强制与父母分家，避免在劳动生产过程中互相依赖进而影响生产效率，扩大了国家赋税和兵徭役来源，为秦国经济实力和军事实力的壮大奠定了坚实的基础。在完成上述变法后商鞅又开始规划营建秦国的新都城：咸阳（今陕西省咸阳市东北）位于关中平原中部，北依高原，南临渭河，顺渭河而下可直入黄河，终南山与渭河之间可直通函谷关。
为便于向函谷关以东发展，秦孝公于公元前350年命商鞅征调士卒，按照鲁国、卫国的国都规模修筑冀阙宫廷，营造新都，并于次年将国都从栎阳（今陕西省渭南市富平县东南）迁至咸阳，同时命商鞅在秦国国内进行第二次变法。第二次变法的主要内容如下：废除井田制——“开阡陌封疆”，废除奴隶制土地国有制，实行土地私有制，国家承认土地私有，允许自由买卖。
普遍推行县制，设置县一级官僚机构；“集小都乡邑聚为县”，以县为地方行政单位，废除分封制，“凡三十一县” ，县设县令以主县政，设县丞以辅佐县令，设县尉以掌管军事。县下辖若干都、乡、邑、聚。大力营建新都咸阳，以便向函谷关以东发展。统一度量衡制度，颁布度量衡的标准器。编订户口，五家为伍，十家为什，规定居民要登记各人户籍，开始按户按人口征收军赋——这实际上是将原来生活在各家贵族的世袭封地上的百姓正式编入国家户籍并征收赋税。
革除残留的戎狄风俗——禁止父子、兄弟同室居住，推行小家庭政策：规定凡一户之中有两个以上儿子到立户年龄而不分居的，加倍征收户口税。这是对第一次变法中“异子之科”法令的补充，也是对社会风俗的规范。后两项政策其实在第一次变法时就已有所涉及，在第二次变法中只是更加深化强化。商鞅变法是中国古代一次成功的变革，它让秦国成为一个强大的国家，并且为以后秦国统一六国奠定了基础，而且确定了法治的思想。
商鞅吸取了李悝、吴起等法家在魏、楚等国实行变法的经验，结合秦国的具体情况，对法家政策作了进一步发展，后来居上，变法取得了较大的成效。他进一步破除了井田制，扩大了亩制，重农抑商，奖励一家一户男耕女织的生产，鼓励垦荒，这就促进了秦国小农经济的发展。他普遍推行了县制，制定了法律，统一了度量衡制，建成了中央集权的君主政权。
他禁止私斗，奖励军功，制定二十等爵制度，这有利于加强军队战斗力。他打击反对变法的旧贵族，并且“燔《诗》《书》而明法令”，使变法令得以贯彻执行。由于这一切，秦国很快富强起来，奠定了此后秦统一全中国的基础。正如汉代王充所说的：“商鞅相孝公，为秦开帝业。”经过商鞅变法，秦国经济上改变了旧有的生产关系，废井田开阡陌，从根本上确立了土地私有制；政治上打击并瓦解了旧的血缘宗法制度，使封建国家机制更加健全，中央集权制度的建设从此开始；军事上奖励军功，达到了强兵的目的，极大的提高了军队的战斗力，发展成为战国后期最强大的封建国家，为秦的下一步的战略发展创造了有利的条件，为统一全国奠定了基础。
