不是周芷若由正入邪，而是因为她本身就是明教徒。明教又叫摩尼教，东汉末年传入中土，武周（即武则天称帝期间）时期发扬光大，称为大云光明教，北宋时教主方腊领导教众在江浙地区起事，被招安的梁山好汉镇压。蒙元入主中原，明教总部迁往昆仑山光明顶，留守江南的大佬有两位，一是浙江的殷天正，一是江西的周子旺。周子旺是明教五散人之一彭莹玉的大弟子，武功不太高。
殷天正自创天鹰教不久，周子旺也在江西袁州起事，自立为帝，国号称周，不久为元军扑灭，周子旺被擒斩首。殷天正和周子旺同气连枝，相互间渊源甚深，周子旺起事之时，殷天正曾在浙江为之声援。张三丰带着张无忌上少林寺疗伤无果，下山救了常遇春和船家女孩。张三丰见那女孩约莫十岁左右，衣衫敝旧，赤着双足，虽是船家贫女，但容颜秀丽，十足是个绝色的美人胎子，坐着只是垂泪。
张三丰见她楚楚可怜，问道：“姑娘，你叫甚么名字？”那女孩道：“我姓周，名叫周芷若。”张三丰心想：“船家女孩，取的名字倒好。”其实就从这个名字，老江湖张三丰就能确定周芷若的真实身世并非船家之女，而是周子旺的女儿。周子旺起义失败，常遇春作为周子旺部将，舍身拼命将他一男一女两个孩子带出来，女孩就是周芷若。周芷若从小机敏，哥哥被射死之后，为了减少危险，就穿了破衣烂衫，自称船家之女。
在元代，国人被分成四个等级。第一等蒙古人，称为“自家骨肉”，赵敏就是一等人。第二等色目人。色目人多西域人，部分契丹人也被划入色目人。玄冥二老就是二等人，毁了容的范遥是假冒二等人。第三等汉人（又称汉儿），概指淮河以北原金朝境内的汉族和契丹﹑女真等族。张三丰就是三等人。第四等南人（又称蛮子﹑囊加歹﹑新附人），指最后为元朝征服的原南宋境内（江浙﹑江西﹑湖广三行省和河南行省南部）各族之人。
周芷若就是四等人。清俞樾《春在堂随笔》：“元制，庶人无职者不许取名，而以行第及父母年龄合计为名。”明太祖朱元璋既是四等人，又是庶民，所以他叫朱重八，父亲叫朱五四，祖父叫朱初一，都是没有名字的。周芷若身为四等人，却有个如此高端大气上档次低调奢华有内涵的名字，无疑是贵族出身。所以张三丰一听周芷若名字就知道她是周子旺女儿。
因此当常遇春提出带张无忌去蝴蝶谷治病时，张三丰不信任他，沉默不语。常遇春道：“这位张兄弟由我带去，但张真人又未免不放心。这样罢，我送了张兄弟去胡师伯那里，请他慢慢医治，小人便上武当山来，作个抵押。张兄弟若有甚么失闪，张真人一掌把我打死便了。”张三丰哑然失笑，心想无忌若有差池，我打死你又有何用？你若不上武当山来，我却又到何处去找你？”便道：“你替我好好照顾无忌，倘若他体内阴毒终于得能除去，请你同他上武当山来。
你自己先来抵押，却是不必了。”常遇春道：“小人必当尽力而为。”张三丰道：“那么这个小姑娘，便由我带上武当山去，另行设法安置。”带周芷若上武当山是张三丰提出来的，其实就是用周芷若做人质，和张无忌交换了一下。意思告诉常遇春，你主公的遗孤在我手里，你不要对张无忌做出什么不利之举来。但是张三丰这步棋走错了。常遇春带张无忌入蝴蝶谷，屡生变故，张无忌遇到杨不悔，一路向西跑到昆仑山，一走就是八年（张无忌此时十二岁，当了明教教主回到武当山是二十岁）。
从张三丰看来，他是凶多吉少了。可是周芷若逐渐长大（此时十岁，再有三四年就能嫁人了），就成了张三丰手里一个烫手山芋。因为明教是绝对得罪不起，也不能沾染的。如果任由周芷若长成大姑娘，就会给武当派带来灭顶之灾。三弟子俞岱岩终身残废，五弟子张翠山身死名裂，皆由明教而起。周芷若的机敏城府不亚殷素素，绝对是个定时炸弹。
因此老张当机立断，把周芷若送上了峨眉派。那么张三丰跟灭绝师太交代周芷若的真实身世（明教徒身份）了吗？应该没有明说，但是灭绝师太只要一听她的来历，也能判断出来。看在张三丰面子上，灭绝师太收周芷若为徒（其实以周芷若的年龄，根本没有资格拜在灭绝门下，只能是灭绝徒孙辈。何况灭绝终日闭关潜修，也没有时间收徒。）。
由于灭绝师太的初恋情人（也是她的师兄）孤鸿子被杨逍气死，哥哥方老英雄被谢逊打死，明教和灭绝有血海深仇，所以一开始灭绝对周芷若态度并不好。周芷若在峨眉派，就如林黛玉进了贾府，不敢多说一句话，不敢多走一步路。但是随着时日渐多，周芷若靠着自己的机敏和乖巧逐渐赢得了灭绝师太的佛心。整个峨眉派在古板乖僻的灭绝师太领导下毫无生气，周芷若恰是打开灭绝师太心扉的一把钥匙，能给众多师姐排忧解难，所以大家也很喜欢她。
