九天玄女在《水浒传》中其实就是一个符号，为“替天行道”这个主题服务，施耐庵并没有把她当做法力高强的神仙来写。因而，所谓的“封建迷信”，传统小说的套路，以及宋江以天书使诈等等观点，都是对九天玄女这个符号的误读。然而，传说中的九天玄女却是一个非常厉害的神。中国的神仙系列很混乱，传说也纷繁复杂，各有所据。九天玄女也是一样，有的说她是西灵圣母的弟子、使者，还是黄帝的老师，帮助黄帝打败了蚩尤；有的说她是“天地之精神，阴阳之灵气。
神无所不通，形无所不类。知万物之情，晓众变之状”；还有的干脆说玄女就是民间一普通女子，精通法术，行侠仗义，除暴安良，于是，玉帝便敕封她为九天玄女、九天圣母。尽管九天玄女的传说很多，且越传越神乎，但施耐庵只是用了与《水浒传》主题与情节有关的一小部分，而且，还在很大程度上弱化这尊大神。那么，施耐庵笔下的九天玄女是什么来头，她的法力高强吗？九天玄女隐伏了梁山好汉的结局《水浒传》第四十一回写的是宋江在还道村九天玄女庙，遇到九天玄女，得授三卷天书的故事。
这个故事其实就是照应“楔子”：洪太尉误走妖魔，进一步阐明《水浒传》主题的。却说宋江来到九天玄女殿，见到了这位《水浒传》头号大神，便先得到了三杯仙酒、三枚仙枣的赏赐。然后，又得九天玄女传授了三卷天书。这三卷天书“可长五寸，阔三寸”，像一块小砖头，尺寸很特别。施耐庵这么写，是有其含义的，把这一串数字组合起来，就是“宋仁宗嘉祐三年三月三日，五更三点”，这句通行本“水浒传”的开篇第一句话。
施耐庵伏线遥远，三杯仙酒、三枚仙枣、三卷天书，长五寸、阔三寸，对应的就是误走妖魔的故事。宋江以及梁山好汉就是在嘉佑三年三月初三这次御前会议之后不久，被洪太尉从江西信州的龙虎山伏魔大殿的地窖里放出来的。虽然，“楔子”说的是“洪太尉误走妖魔”，但从故事的情节看，洪太尉完全是在张天师的安排下，被上清宫的道众们引诱，误走了妖魔。
这群妖魔逃出来后，经过了六十二年的时间，便来到宋徽宗宣和时期，演绎了梁山大聚义的故事。那么，这群妖魔聚义后，将发生怎样的故事，他们的结局又会怎样呢？施耐庵用一组相同的数字告诉读者，妖魔还是那群妖魔，他们或者重回紫府，或者“罪下酆都”，被打回原形。因而，当宋江得了三卷天书之后，被两个青衣女使送出了玄女殿。
他们三人走到一座石桥上时，青衣女使指着桥下说：“星主，看石桥下水里二龙相戏！”书中写道：宋江凭栏看时，果见二龙戏水。二青衣望下一推。宋江大叫一声，却撞在神厨内，觉来乃是“南柯一梦。这个细节，其实就是宋江及梁山好汉的结局预演。二龙相戏，讲的是宋徽宗、宋钦宗在北宋即将灭亡时，于靖康元年上演的帝权之争。二龙戏水，则隐喻的是靖康之难爆发后，宋徽宗、宋钦宗都被金国人押到五国城“坐井观天”。
宋江被推下石桥，大概也随着“二龙相戏”、“二龙戏水”而结束了传奇故事。施耐庵在此寓意，北宋灭亡始于嘉佑三年发轫的党争之祸。党争之祸升级为帝争，宋徽宗复辟，导致北宋王朝走向灭亡。所以，历史虽然从宋仁宗朝来到了宋徽宗朝，但“天数”未变，王朝灭亡的历史不可逆转。那么，施耐庵为何要以九天玄女说事，不可以是其他神仙吗？九天玄女是赵匡胤的同僚、上司在嘉佑三年三月初三之前，施耐庵还讲到了北宋开国的历史，历数宋太祖、宋太宗、宋真宗，这才写到了宋仁宗。
施耐庵说，宋太祖赵匡胤是天上霹雳大仙下界，一条齐身杆棒打四百座军州都姓赵，结束了五代战乱。那么，霹雳大仙又是哪路神仙呢？原来，道家认为，雷霆是宇宙间最具威力的力量，上界便有了雷部。赵匡胤的“霹雳”就说明他是来自雷部的大神，下界“替天行道”，开创了太平盛世。上古女神九天玄女在纷纭的传说中，被道家抢占先机，吸为本教女神，而且是最高阶之神。
道家以雷部为最大，九天玄女自然就得掌管雷部了。道教徒在祭拜本教上仙时，都要礼唱赞词，这些赞词名曰“宝诰”。九天玄女的一则宝诰中有这样一句：恭行天律，部领雷兵。所以，九天玄女便自然是赵匡胤的同僚、上司了。这样的九天玄女才是当年给黄帝传授兵法，并以法术相助打败蚩尤的兵法、法术女神。九天玄女成为道教神仙后，便把天书进一步改进，就成了《水浒传》中的天书，共有道、法、术三卷。
